2'-0-metyl-rA(N-Bz)fosforamidit

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit är en modifierad fosforamiditmonomer som kan användas för oligonukleotidsyntes. 2'-O-metylmodifieringen ger avsevärd nukleasresistens mot oligonukleotider samtidigt som vätebindningsegenskaperna hos RNA/RNA-duplexer bevaras mer troget än DNA/RNA-hybrider. I RNA-interferens (RNAi)-applikationer, inkorporeras 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite ofta i sense- och antisenssträngarna av små interfererande RNA (siRNA)-duplexer för att förbättra serumstabiliteten och minska effekter utanför målet utan att kompromissa med RNAi-aktiviteten. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit fungerar också som en kritisk byggsten i den kemiska syntesen av RNA-oligonukleotider som innehåller platsspecifika 2'-O-metyladenosinmodifieringar; skyddsgrupperna (DMT vid 5′, Bz vid N6, CE-fosforamidit vid 3′) tillåter stegvis sammansättning av RNA-strängar med hög tillförlitlighet och kontroll på automatiserade DNA/RNA-syntes. Utöver RNA-terapi har 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite funnit tillämpning i syntesen av fosfatförgrenade RNA-modeller för att studera ovanliga RNA-arkitekturer och vid beredningen av termiskt stabiliserade fluorescerande oligonukleotidsonder.

Produktparametrar

Varför Cosperpharm? – Våra konkurrensfördelar

Produktfördelar

1. 2'-O-metylmodifiering för nukleasresistens och termisk stabilitet

2'-O-metylmodifieringen vid ribos 2'-position är en av de mest omfattande validerade kemiska modifieringarna inom oligonukleotidterapi. Oligonukleotider som innehåller 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit uppvisar markant ökad resistens mot endo- och exonukleaser jämfört med omodifierat RNA, med förbättrad termisk stabilitet hos RNA/RNA-duplex (ökad Tm) utan att kompromissa med Watson-Crick-basspecifikiteten. Denna modifiering har framgångsrikt implementerats i FDA-godkända oligonukleotidläkemedel och många kandidater i kliniskt skede.

2. N6-bensoylskydd för High-Fidelity-syntes

Bensoylskyddsgruppen (Bz) på den exocykliska N6-aminen i adeninbasen förhindrar oönskade sidoreaktioner under fosforamiditkopplingscykeln, såsom förgrening eller kedjeavslutningshändelser orsakade av depurinering eller acylering. Bz-gruppen avlägsnas rent under standardförhållanden för oligonukleotidavskyddning (koncentrerad ammoniak, 55 °C, 8–16 timmar eller AMA), vilket ger den nativa adeninbasen utan detekterbara biprodukter.

3. C3′-Endo Sugar Conformation Pre-organisation

2'-O-metylsubstitutionen låser ribossockret i en C3'-endo (North) konformation - samma konformation som antas av RNA i A-form duplex. Denna konformationella förorganisation minskar den entropiska straffen vid hybridisering till komplementära RNA-mål, vilket resulterar i högre bindningsaffinitet (högre Tm) för 2′-O-metylmodifierade oligonukleotider i förhållande till DNA eller omodifierat RNA av samma sekvens.

4. Standardskyddsgruppskompatibilitet för automatiserad syntes

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit bär samma 5'-O-DMT- och N6-Bz-skyddsgrupper som används i standard-RNA-fosforamiditer, tillsammans med en β-cyanoetyl (CE) fosforamidit i 3'-positionen. Denna design säkerställer sömlös integrering i befintliga automatiserade DNA/RNA-syntesarbetsflöden utan att kräva specialiserade avskyddningsprotokoll eller modifierade kopplingsförhållanden.

5. Bred terapeutisk användbarhet över oligonukleotidplattformar

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit används över flera terapeutiska oligonukleotidplattformar: siRNA (sense and antisense string modifications), antisense oligonukleotiders (ASOs) för gentystnad, aptamerer för målinriktad leverans och diagnostiska applikationer för RNA-diagnostik och modifierad RNA-diagnostik. 2′-O-metylmodifieringen används också i stor utsträckning i CRISPR-Cas guide-RNA för att förbättra stabiliteten och redigeringseffektiviteten.

Applikationsscenarier

1. siRNA Terapeutisk utveckling

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite används för att introducera 2'-O-metyladenosinmodifieringar i sense- och/eller antisenssträngarna av små interfererande RNA (siRNA)-duplexer för att förbättra serumstabiliteten, minska effekter utanför målet som medieras av RNAi-lastnings-, immunostimulations-, och immunostimulationsmaskineri (passagerarsträngsladdning) (TLR7/8 aktivering). 2′-O-metylmodifieringen är en standardkomponent i många kliniskt avancerade siRNA-plattformar.

2. Tillverkning av antisensoligonukleotid (ASO).

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit är allmänt inkorporerat i antisensoligonukleotider för genljudande tillämpningar. 2'-O-metylmodifieringen ger nukleasresistens mot ASO i biologiska vätskor och förbättrar bindningsaffiniteten till komplementära RNA-mål utan att störa RNas H-medierade klyvningsmekanismer (när de är placerade i 2'-O-metyl/2'-deoxigapmer-designer).

3. Kemisk syntes av RNA-oligonukleotid

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit fungerar som en byggsten för den kemiska fastfassyntesen av RNA-oligonukleotider som innehåller platsspecifika 2'-O-metyladenosinrester. Skyddsgrupperna (5′-O‑DMT, N6‑Bz, CE fosforamidit) är kompatibla med vanliga RNA-syntescykler och avskyddningsförhållanden (NH₃, 55°C, 8–16 h eller AMA), vilket möjliggör sömlös integrering i etablerade syntesarbetsflöden.

4. Fluorescerande oligonukleotidprobdesign

2′-O-metylmodifieringar förbättrar den termiska stabiliteten hos fluorescerande prober (t.ex. molekylära beacons, TaqMan-sonder) som används i realtids-PCR och in situ-hybridisering. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite möjliggör införandet av stabiliserande modifieringar i sondsekvenser, vilket ökar signal-till-brusförhållandet och möjliggör mer robust detektion av RNA-mål med låg förekomst.

5. Aptamerutveckling Kemiskt modifierade aptamerer som innehåller

2′-O-metylnukleotider uppvisar förbättrad nukleasresistens, förlängd halveringstid in vivo och förbättrad målbindningsaffinitet jämfört med omodifierade RNA-aptamerer. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit är en viktig byggsten för att generera 2'-O-metyl-modifierade aptamerbibliotek via fastfassyntes.

6. Modifiering av CRISPR-Cas Guide RNA (gRNA).

2′-O-metylmodifieringar placerade på specifika positioner i CRISPR-Cas gRNA kan förbättra stabiliteten, minska immunogeniciteten och förbättra redigeringseffektiviteten i celler och in vivo. 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit möjliggör platsspecifik introduktion av 2'-O-metyladenosinrester i kemiskt syntetiserade gRNA.

7. Fosfatgrenad RNA-forskning

Forskare som studerar ovanliga RNA-arkitekturer, såsom fosfatförgrenat RNA, använder 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite för att framställa modelloligonukleotider som innehåller en enda fri 2'-OH-grupp för att undersöka den hydrolytiska stabiliteten av fotriologiska grenade fosfatbindningar.

8. Termisk stabilitetsstudier av modifierade oligonukleotider

2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit används i systematiska studier av den termiska stabiliteten (Tm) hos modifierade oligonukleotidduplexer, inklusive karakterisering av positionseffekter av 2'-O-metylmodifieringar på duplexsmälttemperatur och hybridiseringstermodynamik.

9. Oligonukleotidsyntes i fast fas

Processutveckling Processkemister och oligonukleotidsyntesspecialister använder 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Phosphoramidite för att optimera kopplingsförhållanden, avskyddningsprotokoll och reningsmetoder för storskalig tillverkning av 2'-O-metyl-terapeutiska nukleinsyramodifierade nukleinsyra. Cosperpharm tillhandahåller batchspecifika analytiska data för att stödja processvalidering och uppskalningsaktiviteter.

10. Utveckling av analytisk metod för kvalitetskontroll av oligonukleotider

2′-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit används som referensstandard vid utvecklingen av HPLC- och LC-MS-metoder för att kvantifiera modifierat nukleosidinnehåll i oligonukleotidläkemedelssubstanser och läkemedelsprodukter, samt för att identifiera syntesrelaterade föroreningar (t.ex. fosfitoxidationsbiprodukter).

Kontakta oss

Behöver du pålitlig 2'-O-Methyl-rA(N-Bz) Fosforamidit med hög renhet för ditt nästa oligonukleotidsyntesprojekt? Cosperpharms team är redo att hjälpa till med produktspecifikationer, dokumentationsbehov och supply chain-lösningar skräddarsydda för din applikation.